A decorrere dal 1 gennaio 2007, a seguito alla positiva conclusione della fase di sperimentazione del Progetto Protocollo Informatico, è istituito il "Protocollo Generale dell'Università degli Studi di Napoli Federico II" e viene avviato l'esercizio del "Sistema di protocollo informatico" che, in accordo con la normativa vigente in materia, consente anche la gestione informatica dei documenti e dei procedimenti amministrativi. Al Sistema sono inizialmente collegate le seguenti strutture: l'Amministrazione Centrale, i Poli, il Dipartimento di Informatica e Sistemistica, il Dipartimento di Scienze Fisiche ed il Centro Servizi Informativi di Ateneo (CSI). Le Facoltà ed i restanti Dipartimenti e Centri dotati di autonomia amministrativo contabile adotteranno progressivamente il Sistema di Protocollo Informatico, nel corso dell'anno.